I dipartimenti della scuola sono coinvolti a diverso titolo nelle seguenti Scuole di Dottorato nazionali. 

Scuole di Dottorato con sede amministrativa nei dipartimenti della scuola:  

• Civil, Environmental and Materials Engineering (Modena)
• Computer and Data Science for Technological and Social Innovation (Modena e Reggio Emilia)
• Industrial innovation Engineering  (Reggio Emilia)
• Information and Communication Technologies (Modena)
• Mechanical and Vehicle Engineering (Modena)
• Physics and Nano Sciences (Modena)

Scuole di Dottorato interateneo con sede amministrativa nei dipartimenti della scuola a rotazione con gli altri atenei coinvolti:

• Automotive Engineering for Intelligent Mobility  (con Bologna e Parma)
• Mathematics (con Ferrara e Parma)